Seuran asioista päättävät vuosikokous sekä valtuuskunta. Toimeenpanevana elimenä on hallitus.

Maaliskuussa pidettävässä vuosikokouksessa SKS:n jäsenet valitsevat valtuuskuntaan 21 edustajaa, joista kolmannes on vuosittain erovuorossa. Valtuuskunnalla on kaksi sääntömääräistä kokousta. Syyskokouksessaan se valitsee hallituksen jäsenet, joista myös kolmannes on vuosittain erovuorossa. Hallituksella on vuosittain 8–10 kokousta ja asioiden valmistelua varten kaksi työvaliokuntaa, talousvaliokunta ja julkaisuvaliokunta. Hallintoelimiin valitut edustavat valtakunnallisesti SKS:n keskeisaloja sekä tutkimusta, kulttuurielämää ja yhteistyötahoja.

Pääsihteeri on SKS:n toiminnanjohtaja, joka valmistelee hallitukselle esitettävät asiat. Pääsihteerin apuna toimii johtoryhmä. Sen kokoonpanosta päättää hallitus pääsihteerin esityksestä. Pääsihteeri toimii johtoryhmän puheenjohtajana.

valtuuskunta
vaalitoimikunta
hallitus
neuvottelukunnat
johtoryhmä
organisaatiokaavio