SKS:n asioista päättävät luottamuselimet ja pääsihteeri.
Vuosikokous on SKS:n jäsenistön kokous. Vuosikokous valitsee vaalitoimikunnan, joka tekee esityksen vuosikokoukselle kokouksessa valittavista valtuuskunnan jäsenistä.
Valtuuskunnassa on 21 edustajaa, jotka edustavat SKS:n keskeisiä tutkimusaloja, kulttuurin, kirjallisuuden, suomen kielen ja historian tutkimusta. Valtuuskunnan puheenjohtaja on samalla SKS:n esimies. Valtuuskunta valitsee hallituksen ja valvoo sen toimintaa.
SKS:n toiminnasta vastaa hallitus, johon kuuluu yhdeksän seuran jäsentä. Hallitus nimeää kansanperinteen, kirjallisuuden ja FILIn neuvottelukunnat. Lisäksi hallitus nimeää keskuudestaan julkaisu-, talous- ja tutkimusvaliokunnat valmistelemaan asioita.
Pääsihteeri johtaa SKS:n toimintaa ja valmistelee hallitukselle esiteltävät asiat. Pääsihteerin apuna toimii johtoryhmä. Sen kokoonpanosta päättää hallitus pääsihteerin esityksestä.
Valtuuskunta 2020
professori Lotte Tarkka, puheenjohtaja, esimies
Helsinki
1. kausi 2019–2021
professori Liisa Tainio, varapuheenjohtaja
Helsinki
2. kausi 2018–2020
yliopistonlehtori Riina Haanpää
Turku
1. kausi 2020–2022
professori Marja-Liisa Helasvuo
Turku
1. kausi 2019–2021
dosentti Marja Jalava
Helsinki
3. kausi 2019–2021
FT Sakari Katajamäki
Helsinki
3. kausi 2020–2022
FT Eerika Koskinen-Koivisto
Jyväskylä
1. kausi 2019–2021
dosentti Kaisa Kurikka
Turku
1. kausi 2020–2022
dosentti Tuulikki Kurki
Joensuu
2. kausi 2019–2021
dosentti Kirsi Laurén
Joensuu
2. kausi 2018–2020
professori Pirjo Markkola
Tampere
3. kausi 2018–2020
dosentti Kati Mikkola
Helsinki
3. kausi 2019–2021
professori Taru Nordlund
Helsinki
3. kausi 2020–2022
FT Elise Nykänen
Helsinki
1. kausi 2020–2022
professori Jari Ojala
Jyväskylä
1. kausi 2018–2020
professori Helka Riionheimo
Joensuu
1. kausi 2020–2022
lehtori Tuula Saraniemi
Rovaniemi
3. kausi 2018–2020
dosentti Katriina Siivonen
Helsinki
3. kausi 2020–2022
apulaisprofessori Johanna Vaattovaara
Tampere
1. kausi 2020–2022
kirjailija Jyrki Vainonen
Tampere
3. kausi 2019–2021
apulaisprofessori Pirjo-Kristiina Virtanen
Helsinki
1. kausi 2018–2020
Vaalitoimikunta 2020
yliopistonlehtori Anna Hollsten
professori Pauli Kettunen
professori Päivi Lappalainen
professori Tiina Onikki-Rantajääskö
yliopistonlehtori Kirsti Salmi-Niklander
professori Hanna Snellman
Hallitus 2021
dosentti Kukku Melkas, puheenjohtaja
Turku
1. kausi 2020–2022
tutkimusjohtaja Juhana Aunesluoma, varapuheenjohtaja
Helsinki
2. kausi 2021–2023
professori Outi Fingerroos
Jyväskylä
1. kausi 2019–2021
dosentti Anne Heimo
Turku
2. kausi 2019–2021
dosentti Ilona Herlin
Helsinki
1. kausi 2020–2022
sijoitusjohtaja Mikko Koivusalo
Helsinki
1. kausi 2019–2021
dosentti Olli Löytty
Turku
1. kausi 2020–2022
kansliapäällikkö Pekka Timonen
Helsinki
3. kausi 2021–2023
tutkimuspäällikkö Minna Sarantola-Weiss
Helsinki
1. kausi 2021–2023
Kansanperinteen neuvottelukunta 2021
dosentti Anne Heimo
Turku
2. kausi 2020–2022
FT Marko Jouste
Oulu
2. kausi 2020–2022
FT Tiina Seppä
Joensuu
1. kausi 2020–2022
dosentti Eija Stark
Helsinki
1. kausi 2020–2022
dosentti Arja Turunen
Jyväskylä
1. kausi 2020–2022
dosentti Susanne Österlund-Pötzsch
Helsinki
1. kausi 2020–2022
Kirjallisuuden neuvottelukunta 2021
yliopistonlehtori Lieven Ameel
Tampere
1. kausi 2021–2023
dosentti Elina Arminen
Joensuu
1. kausi 2020–2022
professori Sanna Karkulehto
Jyväskylä
2. kausi 2019–2021
dosentti Kati Launis
Turku
2. kausi 2019–2021
FT Rita Paqvalén
Helsinki
1. kausi 2020–2022
akatemiatutkija Veijo Pulkkinen
Helsinki
1. kausi 2021–2023
FILIn neuvottelukunta 2021
johtaja Minna Castrén
2021–2023
toiminnanjohtaja Kalle Hakkola
2020–2022
dosentti Olli Löytty
SKS:n hallituksen edustaja
kääntäjä Stefan Moster
2021–2023
FT, projektipäällikkö Agneta Rahikainen
2019–2021, varapuheenjohtaja
kustantaja Ville Rauvola
2021–2023, puheenjohtaja
kääntäjä Riina Vuokko
2021–2022
Hallituksen valiokunnat 2020
Julkaisuvaliokunta 2020
dosentti Kukku Melkas, puheenjohtaja
tutkimusjohtaja Juhana Aunesluoma
professori Outi Fingerroos
dosentti Ilona Herlin
pääsihteeri Tuomas M. S. Lehtonen
kustannusjohtaja Tero Norkola
Talousvaliokunta 2020
tutkimusjohtaja Juhana Aunesluoma, puheenjohtaja
sijoitusjohtaja Mikko Koivusalo
kansliapäällikkö Pekka Timonen
osakesijoitusjohtaja Jan Lundberg (ulkopuolinen varainhoidon asiantuntijajäsen)
