SKS:n asioista päättävät luottamuselimet ja pääsihteeri.
Vuosikokous on SKS:n jäsenistön kokous. Vuosikokous valitsee vaalitoimikunnan, joka tekee esityksen vuosikokoukselle kokouksessa valittavista valtuuskunnan jäsenistä.
Valtuuskunnassa on 21 edustajaa, jotka edustavat SKS:n keskeisiä tutkimusaloja, kulttuurin, kirjallisuuden, suomen kielen ja historian tutkimusta. Valtuuskunnan puheenjohtaja on samalla SKS:n esimies. Valtuuskunta valitsee hallituksen ja valvoo sen toimintaa.
SKS:n toiminnasta vastaa hallitus, johon kuuluu yhdeksän seuran jäsentä. Hallitus nimeää kansanperinteen, kirjallisuuden ja FILIn neuvottelukunnat. Lisäksi hallitus nimeää keskuudestaan julkaisu-, talous- ja tutkimusvaliokunnat valmistelemaan asioita.
Pääsihteeri johtaa SKS:n toimintaa ja valmistelee hallitukselle esiteltävät asiat. Pääsihteerin apuna toimii johtoryhmä. Sen kokoonpanosta päättää hallitus pääsihteerin esityksestä.
Valtuuskunta 2018
professori emeritus Seppo Knuuttila, puheenjohtaja, SKS:n esimies
Joensuu
2. kausi 2016–2018
dosentti Kukku Melkas, varapuheenjohtaja
Turku
3. kausi 2017–2019
professori Outi Fingerroos
Jyväskylä
2. kausi 2016–2018
professori Riho Grünthal
Helsinki
3. kausi 2016–2018
dosentti Ilona Herlin
Helsinki
3. kausi 2017–2019
dosentti Marja Jalava
Helsinki
2. kausi 2016–2018
FT Sakari Katajamäki
Helsinki
2. kausi 2017–2019
dosentti Tuulikki Kurki
Joensuu
1. kausi 2016–2018
dosentti Tiina Käkelä
Helsinki
3. kausi 2017–2019
FT Maria Laakso
Tampere
1. kausi 2018–2019
dosentti Kirsi Laurén
Joensuu
2. kausi 2018–2020
professori Pirjo Markkola
Tampere
3. kausi 2018–2020
dosentti Kati Mikkola
Helsinki
2. kausi 2016–2018
professori Taru Nordlund
Helsinki
2. kausi 2017–2019
professori Jari Ojala
Jyväskylä
1. kausi 2018–2020
dosentti Kirsti Salmi-Niklander
Helsinki
3. kausi 2017–2019
lehtori Tuula Saraniemi
Rovaniemi
3. kausi 2018–2020
dosentti Katriina Siivonen
Helsinki
2. kausi 2017–2019
professori Liisa Tainio
Helsinki
2. kausi 2018–2020
kirjailija Jyrki Vainonen
Tampere
2. kausi 2016–2018
apulaisprofessori Pirjo-Kristiina Virtanen
Helsinki
1. kausi 2018–2020
Vaalitoimikunta 2018
FT Pasi Enges
FT Anna Hollsten
professori Pauli Kettunen
professori Päivi Lappalainen
professori Pirkko Nuolijärvi
professori Hanna Snellman
Hallitus 2019
professori Tiina Onikki-Rantajääskö, puheenjohtaja
Helsinki
3. kausi 2017–2019
tutkimusjohtaja Juhana Aunesluoma, varapuheenjohtaja
