SKS:n asioista päättävät luottamuselimet ja pääsihteeri.
Vuosikokous on SKS:n jäsenistön kokous. Vuosikokous valitsee vaalitoimikunnan, joka tekee esityksen vuosikokoukselle kokouksessa valittavista valtuuskunnan jäsenistä.
Valtuuskunnassa on 21 edustajaa, jotka edustavat SKS:n keskeisiä tutkimusaloja, kulttuurin, kirjallisuuden, suomen kielen ja historian tutkimusta. Valtuuskunnan puheenjohtaja on samalla SKS:n esimies. Valtuuskunta valitsee hallituksen ja valvoo sen toimintaa.
SKS:n toiminnasta vastaa hallitus, johon kuuluu yhdeksän seuran jäsentä. Hallitus nimeää kansanperinteen, kirjallisuuden ja FILIn neuvottelukunnat. Lisäksi hallitus nimeää keskuudestaan julkaisu-, talous- ja tutkimusvaliokunnat valmistelemaan asioita.
Pääsihteeri johtaa SKS:n toimintaa ja valmistelee hallitukselle esiteltävät asiat. Pääsihteerin apuna toimii johtoryhmä. Sen kokoonpanosta päättää hallitus pääsihteerin esityksestä.
Valtuuskunta 2019
professori Lotte Tarkka, puheenjohtaja, esimies
Helsinki
1. kausi 2019–2021
dosentti Kukku Melkas, varapuheenjohtaja
Turku
3. kausi 2017–2019
professori Marja-Liisa Helasvuo
Turku
1. kausi 2019–2021
dosentti Ilona Herlin
Helsinki
3. kausi 2017–2019
dosentti Marja Jalava
Helsinki
3. kausi 2019–2021
FT Sakari Katajamäki
Helsinki
2. kausi 2017–2019
FT Eerika Koskinen-Koivisto
Jyväskylä
1. kausi 2019–2021
dosentti Tuulikki Kurki
Joensuu
2. kausi 2019–2021
dosentti Tiina Käkelä
Helsinki
3. kausi 2017–2019
FT Maria Laakso
Tampere
1. kausi 2018–2019
dosentti Kirsi Laurén
Joensuu
2. kausi 2018–2020
professori Pirjo Markkola
Tampere
3. kausi 2018–2020
dosentti Kati Mikkola
Helsinki
3. kausi 2019–2021
professori Taru Nordlund
Helsinki
2. kausi 2017–2019
professori Jari Ojala
Jyväskylä
1. kausi 2018–2020
dosentti Kirsti Salmi-Niklander
Helsinki
3. kausi 2017–2019
lehtori Tuula Saraniemi
Rovaniemi
3. kausi 2018–2020
dosentti Katriina Siivonen
Helsinki
2. kausi 2017–2019
professori Liisa Tainio
Helsinki
2. kausi 2018–2020
kirjailija Jyrki Vainonen
Tampere
3. kausi 2019–2021
apulaisprofessori Pirjo-Kristiina Virtanen
Helsinki
1. kausi 2018–2020
Vaalitoimikunta 2019
FT Pasi Enges
FT Anna Hollsten
professori Pauli Kettunen
professori Päivi Lappalainen
professori Pirkko Nuolijärvi
professori Hanna Snellman
Hallitus 2020
dosentti Kukku Melkas, puheenjohtaja
Turku
1. kausi 2020–2022
tutkimusjohtaja Juhana Aunesluoma, varapuheenjohtaja
Helsinki
1. kausi 2018–2020
professori Outi Fingerroos
Jyväskylä
1. kausi 2019–2021
dosentti Anne Heimo
Turku
2. kausi 2019–2021
dosentti Ilona Herlin
Helsinki
1. kausi 2020–2022
sijoitusjohtaja Mikko Koivusalo
Helsinki
1. kausi 2019–2021
dosentti Olli Löytty
Turku
1. kausi 2020–2022
kansliapäällikkö Pekka Timonen
Helsinki
2. kausi 2018–2020
Kansanperinteen neuvottelukunta 2020
dosentti Anne Heimo
Turku
2. kausi 2020–2022
FT Marko Jouste
Oulu
2. kausi 2020–2022
FT Tiina Seppä
Joensuu
1. kausi 2020–2022
dosentti Eija Stark
Helsinki
1. kausi 2020–2022
dosentti Arja Turunen
Jyväskylä
1. kausi 2020–2022
FT Susanne Österlund-Pötzsch
Helsinki
1. kausi 2020–2022
Kirjallisuuden neuvottelukunta 2020
dosentti Elina Arminen
Joensuu
1. kausi 2020–2022
dosentti Vesa Haapala
Helsinki
2. kausi 2018–2020
dosentti Saija Isomaa
Tampere
2. kausi 2018–2020
professori Sanna Karkulehto
Jyväskylä
2. kausi 2019–2021
dosentti Kati Launis
Turku
2. kausi 2019–2021
FT Rita Paqvalén
Helsinki
1. kausi 2020–2022
FILIn neuvottelukunta 2020
toiminnanjohtaja Kalle Hakkola
2020–2022
kääntäjä Stefan Moster
2018–2020
kustantaja Ville Rauvola
2018–2020
FT, projektipäällikkö Agneta Rahikainen
2019–2021
kustantaja Touko Siltala
2019–2021
dosentti Olli Löytty, SKS:n hallituksen edustaja
2020–2022
Hallituksen valiokunnat 2020
Julkaisuvaliokunta 2020
dosentti Kukku Melkas, puheenjohtaja
tutkimusjohtaja Juhana Aunesluoma
professori Outi Fingerroos
dosentti Ilona Herlin
museonjohtaja Tiina Merisalo
pääsihteeri Tuomas M. S. Lehtonen
kustannusjohtaja Tero Norkola
Talousvaliokunta 2020
tutkimusjohtaja Juhana Aunesluoma, puheenjohtaja
sijoitusjohtaja Mikko Koivusalo
kansliapäällikkö Pekka Timonen
osakesijoitusjohtaja Jan Lundberg (ulkopuolinen varainhoidon asiantuntijajäsen)
