SKS:n asioista päättävät luottamuselimet ja pääsihteeri.
Vuosikokous on SKS:n jäsenistön kokous. Vuosikokous valitsee vaalitoimikunnan, joka tekee esityksen vuosikokoukselle kokouksessa valittavista valtuuskunnan jäsenistä.
Valtuuskunnassa on 21 edustajaa, jotka edustavat SKS:n keskeisiä tutkimusaloja, kulttuurin, kirjallisuuden, suomen kielen ja historian tutkimusta. Valtuuskunnan puheenjohtaja on samalla SKS:n esimies. Valtuuskunta valitsee hallituksen ja valvoo sen toimintaa.
SKS:n toiminnasta vastaa hallitus, johon kuuluu yhdeksän seuran jäsentä. Hallitus nimeää kansanperinteen, kirjallisuuden ja FILIn neuvottelukunnat. Lisäksi hallitus nimeää keskuudestaan julkaisu-, talous- sekä tutkimus-, arkisto- ja kirjastovaliokunnat valmistelemaan asioita.
Pääsihteeri johtaa SKS:n toimintaa ja valmistelee hallitukselle esiteltävät asiat. Pääsihteerin apuna toimii johtoryhmä. Sen kokoonpanosta päättää hallitus pääsihteerin esityksestä.
Valtuuskunta 2022
professori Lotte Tarkka, puheenjohtaja, esimies
Helsinki
2. kausi 2022–2024
professori Liisa Tainio, varapuheenjohtaja
Helsinki
3. kausi 2021–2023
yliopistonlehtori Riina Haanpää
Turku
1. kausi 2020–2022
professori Marja-Liisa Helasvuo
Turku
2. kausi 2022–2024
lehtori Sari Hyytiäinen
Kouvola
1. kausi 2021–2023
professori Johanna Ilmakunnas
Turku
1. kausi 2022–2024
toimituspäällikkö, dosentti Sakari Katajamäki
Helsinki
3. kausi 2020–2022
FT Eerika Koskinen-Koivisto
Jyväskylä
2. kausi 2022–2024
dosentti Kaisa Kurikka
Turku
1. kausi 2020–2022
professori Tuulikki Kurki
Joensuu
3. kausi 2022–2024
kirjailija Sirpa Kähkönen
Helsinki
1. kausi 2022–2024
dosentti Kirsi Laurén
Joensuu
1. kausi 2021–2023
dosentti Maarit Leskelä-Kärki
Turku
1. kausi 2021–2023
professori Taru Nordlund
Helsinki
3. kausi 2020–2022
FT Elise Nykänen
Helsinki
1. kausi 2020–2022
professori Jari Ojala
Jyväskylä
2. kausi 2021–2023
professori Helka Riionheimo
Joensuu
1. kausi 2020–2022
dosentti Ulla Savolainen
Helsinki
1. kausi 2022–2024
dosentti Katriina Siivonen
Helsinki
3. kausi 2020–2022
apulaisprofessori Johanna Vaattovaara
Tampere
1. kausi 2020–2022
apulaisprofessori Pirjo-Kristiina Virtanen
Helsinki
2. kausi 2021–2023
Vaalitoimikunta 2023
yliopistonlehtori Anna Hollsten
dosentti Kati Launis
professori Pirjo Markkola
professori Tiina Onikki-Rantajääskö
yliopistonlehtori Kirsti Salmi-Niklander
professori Hanna Snellman
Hallitus 2023
dosentti Kukku Melkas, puheenjohtaja
Turku
2. kausi 2023–2025
professori Juhana Aunesluoma, varapuheenjohtaja
Helsinki
2. kausi 2021–2023
professori Outi Fingerroos
Jyväskylä
2. kausi 2022–2024
professori Anne Heimo
Turku
3. kausi 2022–2024
dosentti Ilona Herlin
Helsinki
2. kausi 2023–2025
sijoitusjohtaja Mikko Koivusalo
Helsinki
2. kausi 2022–2024
dosentti Olli Löytty
Turku
2. kausi 2023–2025
kansliapäällikkö Pekka Timonen
Helsinki
3. kausi 2021–2023
tutkimuspäällikkö Minna Sarantola-Weiss
Helsinki
1. kausi 2021–2023
Kansanperinteen neuvottelukunta 2022
professori Anne Heimo
Turku
2. kausi 2020–2022
yliopistonlehtori, FT Marko Jouste
Oulu
2. kausi 2020–2022
tutkijatohtori, FT Antti Lindfors
Helsinki
1. kausi 2022–2024
tutkijatohtori, FT Tiina Seppä
Joensuu
1. kausi 2020–2022
tutkijatohtori, dosentti Arja Turunen
Jyväskylä
1. kausi 2020–2022
dosentti Susanne Österlund-Pötzsch
Helsinki
1. kausi 2020–2022
Kirjallisuuden neuvottelukunta 2022
yliopistonlehtori, dosentti Lieven Ameel
Tampere
1. kausi 2021–2023
yliopistonlehtori, dosentti Elina Arminen
Joensuu
1. kausi 2020–2022
yliopistonopettaja, FT Elsi Hyttinen
Turku
1. kausi 2022–2024
professori Sanna Karkulehto
Jyväskylä
2. kausi 2020–2022
toiminnanjohtaja, FT Rita Paqvalén
Helsinki
1. kausi 2020–2022
akatemiatutkija, FT Veijo Pulkkinen
Helsinki
1. kausi 2021–2023
FILIn neuvottelukunta 2022
johtaja Minna Castrén
2021–2023
toiminnanjohtaja Kalle Hakkola
2020–2022
dosentti Olli Löytty
SKS:n hallituksen edustaja
kääntäjä Stefan Moster
2021–2023
kustantaja Ville Rauvola
2021–2023, puheenjohtaja
dosentti Julia Tidigs
2022–2024
kääntäjä Riina Vuokko
2021–2022, varapuheenjohtaja
Hallituksen valiokunnat 2022
Julkaisuvaliokunta 2022
dosentti Kukku Melkas, puheenjohtaja
professori Juhana Aunesluoma
professori Outi Fingerroos
dosentti Ilona Herlin
pääsihteeri Tuomas M. S. Lehtonen
kustannusjohtaja Kirsi Keravuori
Talousvaliokunta 2022
professori Juhana Aunesluoma, puheenjohtaja
sijoitusjohtaja Mikko Koivusalo
kansliapäällikkö Pekka Timonen
osakesijoitusjohtaja Jan Lundberg (ulkopuolinen varainhoidon asiantuntijajäsen)
