SKS:n asioista päättävät luottamuselimet ja pääsihteeri.
Vuosikokous on SKS:n jäsenistön kokous. Vuosikokous valitsee vaalitoimikunnan, joka tekee esityksen vuosikokoukselle kokouksessa valittavista valtuuskunnan jäsenistä.
Valtuuskunnassa on 21 edustajaa, jotka edustavat SKS:n keskeisiä tutkimusaloja, kulttuurin, kirjallisuuden, suomen kielen ja historian tutkimusta. Valtuuskunnan puheenjohtaja on samalla SKS:n esimies. Valtuuskunta valitsee hallituksen ja valvoo sen toimintaa.
SKS:n toiminnasta vastaa hallitus, johon kuuluu yhdeksän seuran jäsentä. Hallitus nimeää kansanperinteen, kirjallisuuden ja FILIn neuvottelukunnat. Lisäksi hallitus nimeää keskuudestaan julkaisu-, talous- ja tutkimusvaliokunnat valmistelemaan asioita.
Pääsihteeri johtaa SKS:n toimintaa ja valmistelee hallitukselle esiteltävät asiat. Pääsihteerin apuna toimii johtoryhmä. Sen kokoonpanosta päättää hallitus pääsihteerin esityksestä.
Valtuuskunta 2019
professori Lotte Tarkka, puheenjohtaja, esimies
Helsinki
1. kausi 2019–2021
dosentti Kukku Melkas, varapuheenjohtaja
Turku
3. kausi 2017–2019
professori Marja-Liisa Helasvuo
Turku
1. kausi 2019–2021
dosentti Ilona Herlin
Helsinki
3. kausi 2017–2019
dosentti Marja Jalava
Helsinki
3. kausi 2019–2021
FT Sakari Katajamäki
Helsinki
2. kausi 2017–2019
FT Eerika Koskinen-Koivisto
Jyväskylä
1. kausi 2019–2021
dosentti Tuulikki Kurki
Joensuu
2. kausi 2019–2021
dosentti Tiina Käkelä
Helsinki
3. kausi 2017–2019
FT Maria Laakso
Tampere
1. kausi 2018–2019
dosentti Kirsi Laurén
Joensuu
2. kausi 2018–2020
professori Pirjo Markkola
Tampere
3. kausi 2018–2020
dosentti Kati Mikkola
Helsinki
3. kausi 2019–2021
professori Taru Nordlund
Helsinki
2. kausi 2017–2019
professori Jari Ojala
Jyväskylä
1. kausi 2018–2020
dosentti Kirsti Salmi-Niklander
Helsinki
3. kausi 2017–2019
lehtori Tuula Saraniemi
Rovaniemi
3. kausi 2018–2020
dosentti Katriina Siivonen
Helsinki
2. kausi 2017–2019
professori Liisa Tainio
Helsinki
2. kausi 2018–2020
kirjailija Jyrki Vainonen
Tampere
3. kausi 2019–2021
apulaisprofessori Pirjo-Kristiina Virtanen
Helsinki
1. kausi 2018–2020
Vaalitoimikunta 2019
FT Pasi Enges
FT Anna Hollsten
professori Pauli Kettunen
professori Päivi Lappalainen
professori Pirkko Nuolijärvi
professori Hanna Snellman
Hallitus 2020
tutkimusjohtaja Juhana Aunesluoma
Helsinki
1. kausi 2018–2020
professori Outi Fingerroos
Jyväskylä
1. kausi 2019–2021
dosentti Anne Heimo
Turku
2. kausi 2019–2021
dosentti Ilona Herlin
Helsinki
1. kausi 2020–2022
sijoitusjohtaja Mikko Koivusalo
Helsinki
1. kausi 2019–2021
FT Olli Löytty
Turku
1. kausi 2020–2022
dosentti Kukku Melkas
Turku
1. kausi 2020–2022
museonjohtaja Tiina Merisalo
Helsinki
1. kausi 2020
kansliapäällikkö Pekka Timonen
Helsinki
2. kausi 2018–2020
Kansanperinteen neuvottelukunta 2019
professori Outi Fingerroos
Jyväskylä
2. kausi 2017–2019
dosentti Anne Heimo
Turku
1. kausi 2017–2019
FT Marko Jouste
Oulu
1. kausi 2017–2019
förste arkivarie Yrsa Lindqvist
Helsinki
2. kausi 2016–2018
professori Lotte Tarkka
Helsinki
2. kausi 2016–2018
dosentti Sinikka Vakimo
Joensuu
2. kausi 2016–2018
dosentti Pekka Henttonen, asiantuntijajäsen
Tampere
3. kausi 2017–2019
Kirjallisuuden neuvottelukunta 2019
dosentti Vesa Haapala
Helsinki
2. kausi 2018–2020
förste arkivarie Petra Hakala
Helsinki
3. kausi 2018–2020
dosentti Saija Isomaa
Tampere
2. kausi 2018–2020
professori Sanna Karkulehto
Jyväskylä
2. kausi 2019–2021
tutkija Kati Launis
Turku
2. kausi 2019–2021
professori Risto Turunen
Joensuu
3. kausi 2019–2021
FILIn neuvottelukunta 2019
kustantaja Touko Siltala, puheenjohtaja
2019–2021
markkinointijohtaja Agneta Rahikainen, varapuheenjohtaja
2019–2021
toiminnanjohtaja Kalle Hakkola
2017–2019
kääntäjä Stefan Moster
2018–2020
kustantaja Ville Rauvola
2018–2020
kääntäjä Tarja Roinila
2017–2019
professori Risto Turunen, SKS:n hallituksen edustaja
2018–2020
Hallituksen valiokunnat 2019
Julkaisuvaliokunta 2019
professori Tiina Onikki-Rantajääskö, puheenjohtaja
tutkimusjohtaja Juhana Aunesluoma
professori Outi Fingerroos
professori Mari Hatavara
pääsihteeri Tuomas M. S. Lehtonen
kustannusjohtaja Tero Norkola
Talousvaliokunta 2019
tutkimusjohtaja Juhana Aunesluoma, puheenjohtaja
sijoitusjohtaja Mikko Koivusalo
professori Tiina Onikki-Rantajääskö
kansliapäällikkö Pekka Timonen
professori Risto Turunen
osakesijoitusjohtaja Jan Lundberg (ulkopuolinen varainhoidon asiantuntijajäsen)
pääsihteeri Tuomas M. S. Lehtonen
hallinto- ja talousjohtaja Ilkka Heinänen
Tutkimusvaliokunta 2019
dosentti Anne Heimo
professori Tiina Onikki-Rantajääskö
professori Risto Turunen
pääsihteeri Tuomas M. S. Lehtonen
projektipäällikkö Ilona Pikkanen
Johtoryhmä
pääsihteeri Tuomas M. S. Lehtonen, puheenjohtaja
hallinto- ja talousjohtaja Ilkka Heinänen
arkistonjohtaja Outi Hupaniittu
kirjastonjohtaja Heli Kautonen
viestintäjohtaja Sirkka-Liisa Mettomäki
kustannusjohtaja Tero Norkola
FILIn johtaja Tiia Strandén
