SKS:n kirjaston kokoelmat on järjestetty eli luokitettu erityisen logiikan mukaisesti, ja tuo luokitus eroaa huomattavasti esimerkiksi Yleisestä kirjastoluokituksesta (YKL) tai monien tieteellisten kirjastojen käyttämästä yleisestä kymmenluokituksesta (UDK). SKS:n kirjaston luokitus on melko varmasti laadittu 1900-luvun ensimmäisellä vuosikymmenellä, ja sen alullepanosta vastasi seuran kirjastonhoitajana tuolloin toiminut Eemil Aukusti Tunkelo (1870−1953). Tunkelo toimi seuran kirjastonhoitajana vuosina 1902−1910 ja 1927−1936, sekä siinä välissä myös SKS:n sihteerinä, kaiken kaikkiaan siis yli 35 vuotta.
Luokituskaavalla on kuitenkin esihistoriansa – ja myöhempi kasvustonsa. Ajan saatossa siihen on syntynyt erilaisia kerrostumia: joitakin luokkia on karsittu, toisia luotu, kolmansia yhdistetty neljänsiin. Luokituskaava on toisin sanoen ollut elävä, ajan mittaan muuttuva.
SKS:n ensimmäisissä julkaistuissa säännöissä vuonna 1840 määriteltiin tavoitteeksi ensiksikin koota kirjallisuutta, joka aiheeltaan liittyy
”Suomen entisaikoihin, runokeinoon, muinaisuskoon, maanoppiin, statistiikkaan, kielen harjoittamiseen ja muihin semmoisiin kun Suomenmaata vaarantaa, olkoot ne suomeksi tahi jollakulla muulla kielellä kirjoitetut.”
Toisena tavoitteena oli ”kaikkien kirjatekojen” kokoaminen, ”olivatpa mistä aiheesta hyvänsä, kun vaan ovat Suomen kielellä kokoonpantuja”. Ajan oloon näin laajan – kansalliskirjastoille tyypillisemmän – ohjelman toteuttaminen osoittautui kuitenkin haastavaksi. Kokoelmien kartunta näet nojasi vahvalti lahjoituksiin ja oli tästä johtuen epätasaista. Tarvittiin korjausliike, tai oikeammin aiempaa selvempi linjaus, kartuntaohjelman alku.
1880-luvulla kokoelmia käytiinkin täydentämään järjestelmällisemmin Kalevalaa ja kansanrunoutta käsittelevällä tutkimuksella. Silti jo tätä ennen, Aleksis Kiven Seitsemän veljeksen (1870) syntyaikoihin, alkoi karttua myös suomenkielisen kaunokirjallisuuden kokoelma. Nämä painotukset näkyvät myös SKS:n kirjaston nykyisessä keskeisalalähtöisessä tilanjaossa: kirjaston avokokoelmiin on sijoitettu kansanrunouden ja ”muinaisuskon” sekä kaunokirjallisuuden ja ”runokeinon” kerrostumia, kun taas historian ja kielentutkimuksen kokoelmat ovat tätä nykyä varastokokoelmissa.
Varsin pian SKS:n perustamisesta oli myös tultu siihen tulokseen, että hankitut kirjat tulisi viedä aiheenmukaiseen luetteloon, jonka mukaan ne sitten järjestettäisiin hyllyille. Vuosikymmenien ajan kunnollisten tilojen puute – eräässä vaiheessa kirjaston kokoelmia säilytettiin jopa Helsingin eli silloisen Keisarillisen Aleksanterin Yliopiston kirjaston eteiskaapeissa! – esti kuitenkin aiheenmukaisen hyllyjärjestyksen ja näin myös systemaattisen luettelon laatiminen jäi alkutekijöihinsä. Yritettiin silti: 1850-luvulla kirjastoamanuenssi Robert Alfred Renvall (1817−1898) jakoi kokoelman kahteen – suomeksi sekä suomensukuisilla kielillä kirjoitettuihin sekä ulkomaiden kielillä kirjoitettuihin teoksiin – ja yritti laatia tämän kahtiajaon puitteisiin vielä tieteenalakohtaisen luokituksen, siinä kuitenkaan onnistumatta.
Viimein tilat saatiin. SKS:n talon valmistuminen vuonna 1890 merkitsi myös kirjojen käyttömahdollisuuksien lisääntymistä, jouduttihan ”huoneus” pyrintöä sijoittaa kirjat sellaiseen hyllyjärjestykseen, joka huomioi paremmin pääasiassa seuran jäsenistä koostuvat kokoelmien käyttäjät.
Kustavi Grotenfeltin (1861−1928) aloitteesta laaditun luettelon pohjalta kokoelmia järjestettiin nyt siten, että ken halusi nähdä, mitä kirjastossa eri tieteenhaarojen osalta oli, siinä myös onnistui. Vuonna 1894 ilmestynyt Suomalaisten Kirjallisuuden Seuran kirjaston luettelo oli laadittu nimenomaan tieteenalakohtaisesti, jos kohta se sisälsikin vain ”suomalaisella alalla” liikkuvan osan kirjastoa.
SKS:n kirjasto 1930-luvulla
Tunkelon ensimmäisellä kirjastonhoitajakaudella luokitus kuitenkin sai varsinaisesti alkunsa, ja se pohjautui kahteen lippuluetteloon, joista ensimmäinen oli aakkosellinen ja toinen aloittain järjestetty. Tunkelon perintöä on myös se, että vastaisuudessa kirjaston hankintaohjelma painottui selvemmin suomalaiseen kirjallisuudentutkimukseen, kansanperinteeseen ja etnologiaan sekä suomalaiseen ja suomalais-ugrilaiseen lingvistiikkaan. Historia ja maantiede tulivat vasta näiden neljän pääkategorian jälkeen.