Yleensä lahjoitetut teokset sijoitetaan kirjastossa aiheensa mukaiseen hyllyluokkaan. Tästä periaatteesta on kuitenkin kolme merkittävää poikkeusta, kaikki niistä lahjoituksina saatuja yksityiskirjastoja, joita säilytetään kirjastossa omina kokonaisuuksinaan. Vanhan Fennican ja Kalevala-kokoelman ohella ne kuuluvat SKS:n kirjaston erikoiskokoelmiin.
Ida Lönnrotin (1855–1915) perikunta lahjoitti hallussaan olleen Lönnrotin perheen kirjaston SKS:lle vuonna 1929. Lähes 11 hyllymetrin laajuiseen kokoelmaan sisältyy pääasiassa ruotsin- ja suomenkielistä 1800-luvun tieto- ja tutkimuskirjallisuutta, kansanrunousjulkaisuja ja kaunokirjallisuutta. Suuri osa tästä kirjallisuudesta on peräisin SKS:n kunniaesimiehen, Elias Lönnrotin, kirjastosta. Tämä oli näet testamentissaan 1882 määrännyt, että Ida-tytär saisi ensiksi valita tarvitsemansa kirjat hänen kuolinpesästään, sen jälkeen Helsingin yliopiston kirjasto (nykyinen Kansalliskirjasto) voisi ottaa osan, ja loput siirtyisivät SKS:n haltuun. Seura voisi ottaa haluamansa teokset omiin kokoelmiinsa ja jakaa yleishyödyllisiksi arvioimiaan teoksia kirjastoille ja kouluille.
Jo vuonna 1887 kirjaston kokoelmiin liitettiin 597 nidettä Elias Lönnrotin kirjastosta. Niitä ei ole yhdistetty IdaL-kokoelmaan, vaan ne on luokitettu aiheensa mukaan.
Huomattava on myös Matti Kuusi -kokoelma. Akateemikko Matti Kuusi (1914–1998) oli kansanrunoudentutkimuksen professori ja kansainvälisesti arvostettu paremiologi eli sananlaskujen tutkija. Kuusi kokosi merkittävän, parinkymmenen hyllymetrin laajuisen sananlaskukirjaston, johon kuuluu sananlaskututkimuksen kotimaisia ja kansainvälisiä klassikkoteoksia sekä harvinaisuuksia eri puolilta maailmaa. Vuonna 1988 Matti Kuusi lahjoitti pääosan sananlaskukirjastostaan SKS:n kirjastoon. Kokoelman paikkamerkki on M6, jota lyhennettä Kuusi itse usein käytti nimestään.
Gösta Stenman (1888–1947) taas oli taidekauppias, taiteenkerääjä ja mesenaatti. Hän kokosi arvokkaan kirjakokoelman, johon sisältyy erityisesti Kalevalaa ja suomalaista kansanrunoutta käsittelevää kirjallisuutta pääosin 1800-luvulta ja 1900-luvun alkupuolelta, vanhimmat julkaisuista ovat 1700-luvun lopulta. Noin 4,5 hyllymetrin laajuinen Stenmanin kokoelma lahjoitettiin SKS:n kirjastolle vuonna 2007.